Upravno vijeće ima prava i odgovornosti utvrđene Zakonom o Agenciji za mobilnost i programe EU (NN 107/07) , Statutom i drugim općim aktima Agencije.
Upravno vijeće ima predsjednika i 6 članova:
predsjednika predstavnika ministarstva nadležnog za obrazovanje
jednog člana predstavnika ministarstva nadležnog za obrazovanje
jednog člana predstavnika ministarstva nadležnog za mlade
jednog člana predstavnika ministarstva nadležnog za financije
jednog člana predstavnika Agencije za mobilnost i programe EU
jednog člana predstavnika stručnjaka iz akademske zajednice
jednog predstavnika Agencije za strukovno obrazovanje i obrazovanje odraslih.
Članove Upravnog vijeća imenuje i razrješava Vlada Republike Hrvatske na prijedlog ministra znanosti, obrazovanja i sporta, na razdoblje od četiri godine:
Rješenjima Vlade RH od 19. travnja, 2012. godine i 30. siječnja 2014. godine imenovani su: