Hrvatska je programu CEEPUS pristupila 1995. godine. Od početka hrvatskog sudjelovanja u programu do 2012. godine CEEPUS je provodilo ministarstvo nadležno za obrazovanje. Od siječnja 2012. godine operativna je provedba programa CEEPUS povjerena Agenciji za mobilnost i programe Europske unije, dok je Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta i dalje nadležno za strateški aspekt provedbe.
U okviru provedbe CEEPUS-a u Hrvatskoj se godišnje iz državnog proračuna izdvajaju sredstva za 450 mjeseci stipendija za dolaznu mobilnost i sredstva za povrat putnih troškova za odlazne stipendiste. Hrvatska visoka učilišta u akademskoj godini 2015./2016. sudjeluju u 55 odobrenih mreža te u 6 Umbrella mreža.
Niže možete preuzeti popis hrvatskih visokih učilišta koja sudjeluju u odobrenim CEEPUS mrežama u tekućoj akademskoj godini.
